一、纯度指标
    1、含量测定，通过方法学研究选择适合目的蛋白含量测定的方法。
    2、SDS-PAGE，选择符合产品特点的电泳方法进行电泳纯度检测。
    3、RP-HPLC，选择柱子及流动相，建立符合方法学要求的反相纯度测定方法。
    4、SEC-HPLC， 通过分子筛分析，制定聚体的限量指标。
二、结构研究
    1、分子量，选择合适的方法进行分子量的质量控制。
    2、等电点，通过等电点了解产品的电荷特性。
    3、N-端序列，测定N-端序列确定氨基酸一级结构的正确性。
    4、氨基酸组成，确定氨基酸含量符合产品理论序列。
    5、N-端序列，测定C-端序列确定氨基酸一级结构的正确性。
    6、UV扫描，确定最大吸收峰的波长。
    7、CD光谱扫描,研究二级结构。
    8、动态光散射扫描，研究制品的分子分布情况。
    9、鉴别，通过免疫印迹或者其他方法建立制品的鉴别方法。
    10、钛图，通过酶裂解片断的分析，确定制品结构的正确性。
三、限量指标
    1、宿主蛋白残留检测，建立方法，制定限量标准。
    2、宿主DNA残留，建立方法，制定限量标准。
    3、细菌内毒素，方法学研究，制定标准。
    4、如果涉及工具酶，则研究该酶的残留量检测方法及制定限量标准。